Bereits vor mehr als 100 Jahren existierte in Niederscherli ein Blaukreuz-Chor, der auch an der Einweihung der Kirche Niederscherli am 22. Dezember 1912 mitwirkte. Am 2. August 1927 wurde der Kirchgemeinderat Köniz informiert, dass dieser Chor nun als Kirchenchor Niederscherli in gleicher Weise weiter wirken würde. Ab 1929 wurde der Chor von der Kirchgemeinde Köniz mit einem jährlichen Beitrag von Fr. 100.- unterstützt. Protokolle und Jahresberichte sind ab 1933 erhalten.

Bei der Gründung des Kirchenchors war Frau Rosalie Wyss (1907 – 2009) eine wichtige Person und engagierte sich sehr für den Chor. Sie war Mitglied von 1930 – 1985 und anschliessend Ehrenmitglied bis zu ihrem Tod.
In den Dreissiger-und Vierzigerjahren trat der Chor nebst Mitwirkung im Gottesdienst und an Konfirmationen auch an Sonntagsschulweihnachten, Erntedankfesten, an Dorfanlässen und auch am Bazar der Kleinkinderschule auf, pro Jahr etwa 10 mal. Damals zählte der Chor ungefähr 30 bis 40 Mitglieder.


Bis 1980 wurde der Kirchenchor von Lehrern aus Niederscherli und Umgebung dirigiert, von 1954- 1980 war dies Lehrer Fritz Rohrbach aus Mittelhäusern. Es fanden liturgische Adventsfeiern und einzelne Konzerte statt, aber die Hauptaufgabe war immer das Singen im Gottesdienst.
Ab 1983 waren die Chorleiter ausgebildete Musiker. Von 1983 – 1991 war Simon Jenny der Dirigent des Kirchenchores, sein Nachfolger war Josef Zaugg, der den Chor bis 2001 leitete. Von 2001 – 2012 sang der Chor unter der Leitung von Christa Gerber Sohler und Anfang 2013 übernahm Niklaus Loosli die Stelle des Kirchenchorleiters in Niederscherli. Heute hat der Chor immer noch über 40 Sängerinnen und Sänger.


Das heutige Repertoire des Chores ist breit gefächert. Dazu zählen Werke aus der Zeit des Barock, der Klassik und der Romantik. Ausgewählte Lieder aus dem Liedgut der reformierten Kirche ergänzen das Repertoire des Kirchenchors Niederscherli. Drei- bis viermal jährlich begleitet der Chor den Gottesdienst in Niederscherli. Seit 1992 findet am 1. Advent ein Konzert statt, in den Kirchen Oberbalm und Niederscherli. Es wird jeweils ein grösseres Werk aus der klassischen Chorliteratur aufgeführt. Dabei wird der Chor durch professionelle Solisten und Instrumentalisten verstärkt.
In den letzten 30 Jahren wurde der Chor von folgenden Personen präsidiert: 1988 – 1996 Ruedi Luginbühl, 1997 – 2001 Ursula Bieri, 2001 – 2008 Roswitha Wolf, 2009 - 2016 Elisabeth Antognini und seit 2017 Daniel Zingg.